Circondata da una chiostra di monti, si trova nel Molise
altissimo - in provincia di Isernia - ai confini con l'alto
chietino. La città si estende, nel suo nucleo più antico,
sopra un colle di roccia sedimentaria coerente, mentre
l'abitato moderno è slittato nella parte est, interessando
la zona di San Lorenzo.
Agnone è sita a 840 metri sul livello del mare; l'agro,
invece, varia dai 375 metri della parte bassa del fiume
Verrino ai 1386 di Monte Castelbarone ed è attraversato
dai fiumi Sente e Verrino, nonché da numerosi ruscelli.